Anàlisi de la cohort de BRCA utilitzant informació de MCN
Preparació de les dades per a l’anàlisi
El fitxer de dades amb informació de l’estat WGD (Bielski) conté 824 casos de la cohort de BRCA.
Tenim 1222 fitxers de recomptes de la cohort de BRCA.
L’anàlisi inclourà 819 mostres, 489 mostres sense WGD i 330 mostres amb WGD. Un 40% de les mostres de l’anàlisi han patit WGD.
La mida de les llibreries varia entre 2.248947610^{7} i 1.201251810^{8} i la mida mitjana és de 6.33287110^{7}.
Pre-processament de les dades
Per a la filtració s’ha utilitzat un llindar de CPM de 0.16 i s’han filtrat 38042 gens, és a dir un 63% dels gens que teníem inicialment.
El rang de valors dels factors de normalització és de 0.5945125, 1.3537472.
Exploració de les dades
Gràfics de densitat
Gràfic d’escalat multidimensional
Heatmap del gens més variables
Matriu de distàncies dels logCPM dels gens més variables. En aquest cas extraiem els 500 gens més variables a partir de les dades filtrades i normalitzades.
Resultats de l’anàlisi d’expressió diferencial
Nombre de gens diferencialment expressats
Contrastos amb p-valor ajustat (FDR) inferior a 0.05:
## WGDvsNoWGD
## Down 6905
## NotSig 9720
## Up 5816Contrastos amb p-valor sense ajustar inferior a 0.05 i valor absolut de log2-fold-change superior a 0.5 , aproximadament equivalent a un fold-change de 0.7 i 1.4:
## WGDvsNoWGD
## Down 1699
## NotSig 19885
## Up 857Llista de gens ordenats per significació
## ensembl_gene_id hgnc_symbol logFC P.Value adj.P.Val
## 2287 ENSG00000101003 GINS1 0.9420553 1.379273e-41 3.095226e-37
## 1658 ENSG00000087586 AURKA 1.0811100 7.502525e-39 5.612139e-35
## 2294 ENSG00000101057 MYBL2 1.5311736 5.180482e-39 5.612139e-35
## 12802 ENSG00000178999 AURKB 1.2221182 1.613066e-38 9.049706e-35
## 8076 ENSG00000146410 MTFR2 1.0639432 9.592317e-38 4.305224e-34
## 10703 ENSG00000166451 CENPN 0.8775259 2.317539e-37 8.667982e-34
## 10785 ENSG00000166851 PLK1 1.1113085 8.062812e-37 2.584822e-33
## 12256 ENSG00000175063 UBE2C 1.2741893 2.190053e-36 6.143373e-33
## 2383 ENSG00000101447 FAM83D 1.2534777 7.864397e-36 1.960944e-32
## 5839 ENSG00000130826 DKC1 0.5275788 1.303069e-35 2.924216e-32
## 1674 ENSG00000088305 DNMT3B 0.9120680 3.135862e-35 6.397443e-32
## 1676 ENSG00000088325 TPX2 1.0896818 8.008980e-35 1.497746e-31
## 1835 ENSG00000091651 ORC6 1.1058380 1.614524e-34 2.787040e-31
## 2588 ENSG00000103121 CMC2 0.6048545 3.520427e-34 5.642994e-31
## 12159 ENSG00000174371 EXO1 1.1070410 4.368391e-33 6.535405e-30
## 1296 ENSG00000077152 UBE2T 0.9100236 4.541908e-32 6.370310e-29
## 6763 ENSG00000136982 DSCC1 0.8901329 6.346909e-32 8.378293e-29
## 7635 ENSG00000143228 NUF2 1.0460512 1.562033e-31 1.947421e-28
## 5407 ENSG00000126953 TIMM8A 0.5039449 2.323921e-31 2.607555e-28
## 6489 ENSG00000135451 TROAP 1.0487456 2.259871e-31 2.607555e-28Representació gràfica dels resultats
Gràfic mitjana-diferència
Gràfic de volcà
Heatmap dels gens més significatius
100 gens amb p-valor ajustat més baix:
100 gens amb p-valor ajustat més baix després d’haver filtrat per aquells gens amb un logFC en valor absolut superior a 0.5 (aproximadament equivalent a FC superior a 1.4 o inferior a 0.7):
Resultats de l’anàlisi d’enriquiment amb permutació de gene sets
| NAME | FDR.q.val | NES |
|---|---|---|
| GO_SISTER_CHROMATID_SEGREGATION | 0 | 3.370897 |
| GO_MITOTIC_SISTER_CHROMATID_SEGREGATION | 0 | 3.243567 |
| GO_DNA_DEPENDENT_DNA_REPLICATION | 0 | 3.230720 |
| GO_CHROMOSOME_SEGREGATION | 0 | 3.230175 |
| GO_NUCLEAR_CHROMOSOME_SEGREGATION | 0 | 3.200197 |
| GO_MITOTIC_NUCLEAR_DIVISION | 0 | 3.195787 |
| GO_REGULATION_OF_CHROMOSOME_SEGREGATION | 0 | 3.105019 |
| GO_DNA_REPLICATION | 0 | 3.033211 |
| GO_REGULATION_OF_SISTER_CHROMATID_SEGREGATION | 0 | 3.012116 |
| GO_DNA_CONFORMATION_CHANGE | 0 | 2.991282 |
| GO_ORGANELLE_FISSION | 0 | 2.943186 |
| GO_MICROTUBULE_CYTOSKELETON_ORGANIZATION_INVOLVED_IN_MITOSIS | 0 | 2.942741 |
| GO_SPINDLE_ORGANIZATION | 0 | 2.936177 |
| GO_MITOTIC_SPINDLE_ORGANIZATION | 0 | 2.935978 |
| GO_METAPHASE_ANAPHASE_TRANSITION_OF_CELL_CYCLE | 0 | 2.929472 |
| GO_DNA_GEOMETRIC_CHANGE | 0 | 2.915489 |
| GO_CELL_CYCLE_DNA_REPLICATION | 0 | 2.899850 |
| GO_DNA_PACKAGING | 0 | 2.898234 |
| GO_MEIOTIC_CELL_CYCLE_PROCESS | 0 | 2.850250 |
| GO_REGULATION_OF_CHROMOSOME_SEPARATION | 0 | 2.845407 |
| NAME | FDR.q.val | NES |
|---|---|---|
| GO_MEMBRANE_DEPOLARIZATION_DURING_ACTION_POTENTIAL | 0.0009523 | -2.308334 |
| GO_MULTICELLULAR_ORGANISMAL_SIGNALING | 0.0004762 | -2.297990 |
| GO_AXONEME_ASSEMBLY | 0.0006435 | -2.264445 |
| GO_ACTION_POTENTIAL | 0.0016914 | -2.213507 |
| GO_CARDIAC_CONDUCTION | 0.0032955 | -2.152883 |
| GO_TRANSMISSION_OF_NERVE_IMPULSE | 0.0045356 | -2.123252 |
| GO_MEMBRANE_DEPOLARIZATION_DURING_CARDIAC_MUSCLE_CELL_ACTION_POTENTIAL | 0.0041661 | -2.120354 |
| GO_REGULATION_OF_HEART_RATE_BY_CARDIAC_CONDUCTION | 0.0036453 | -2.117909 |
| GO_CARDIAC_MUSCLE_CELL_CONTRACTION | 0.0052909 | -2.088472 |
| GO_CELL_COMMUNICATION_INVOLVED_IN_CARDIAC_CONDUCTION | 0.0048579 | -2.086827 |
| GO_CARDIAC_MUSCLE_CELL_ACTION_POTENTIAL | 0.0050307 | -2.075831 |
| GO_REGULATION_OF_HEART_RATE | 0.0050177 | -2.065465 |
| GO_SODIUM_ION_HOMEOSTASIS | 0.0051563 | -2.059320 |
| GO_NEGATIVE_REGULATION_OF_VASCULATURE_DEVELOPMENT | 0.0052032 | -2.056038 |
| GO_CARDIAC_MUSCLE_CELL_ACTION_POTENTIAL_INVOLVED_IN_CONTRACTION | 0.0048563 | -2.055819 |
| GO_AXONEMAL_DYNEIN_COMPLEX_ASSEMBLY | 0.0050387 | -2.045437 |
| GO_RENAL_SYSTEM_PROCESS | 0.0050273 | -2.042260 |
| GO_CILIUM_MOVEMENT | 0.0058820 | -2.033903 |
| GO_MEMBRANE_REPOLARIZATION | 0.0065950 | -2.025452 |
| GO_CELL_CELL_SIGNALING_INVOLVED_IN_CARDIAC_CONDUCTION | 0.0062653 | -2.025301 |
Anàlisis d’immunitat
ESTIMATE
Immunophenoscore
Signatura 12-Chemokines
